Готфрид Михаэль Кёниг родился в 1926 году в немецком городе Магдебург. Юноша получил серьезное музыкальное образование, изучал церковную музыку в Брауншвайге, акустику и анализ в Дортмунде, компьютерное программирование в Бонне. В течение нескольких лет учился в летней школе г. Дармаштадт, позже там преподавал.

Десятилетие с 1954 по 1964 год Кёниг работал в студии электронной музыки радио WDR в Кёльне, ассистируя другим композиторам (Штокхаузен, Кагель, Эвангелисти, Лигети, Брюн) и сочиняя свою музыку - электронную, оркестровую и камерную (для фортепиано, струнного квартета и квинтета деревянных духовых инструментов ) . Тогда же Кёниг преподавал электронную музыку, композицию и анализ в местной высшей музыкальной школе.

Преподавая в Боннском Университете в 1963-1964 годах, Кёниг проводил компьютерные исследования, на основе которых возникла программа для систематизации методов композиции «Проект 1». Эксперименты с электронной музыкой показали, что производство музыкальной продукции может быть частично «механизировано», доверено машинам - генераторам, звукозаписывающим устройствам и.т.п. Свои исследования композитор продолжил на факультете сонологии Утрехтского университета, который возглавлял 22 года.

В 1986 году факультет сонологии был переведен в Королевскую Консерваторию в Гааге, Кёниг продолжал преподавать, сочинять музыку, писать для музыкальных изданий и работать над компьютерными программами. «Проект 2» позволял пользователям более активно вмешиваться в процесс сочинительства, а «Проект 3», осуществленный в 1989 году, стал целой компьютерной системой для производства звука, включавшей в себя описание и тестирование техники музыкальной композиции, исследование теории композиции и подготовку композиторов.

Первые три тома теоретических изысканий Готфрида Кёнига были опубликованы в начале 90х, четвертый - в 1999, пятый - в 2002. В том же году он стал почетным доктором философского факультета Университета в Заарбрюкене.